猪在所有的生产阶段对霉菌毒素毒素都非常敏感，包括种猪。新型饲喂和圈舍系统的开发为控制养猪生产中的霉菌毒素提供了一个新的视角。在干法和湿法饲喂系统中都可能发生霉菌毒素污染，特别是后者，由于湿法饲喂系统中输送管道更长，通常很难清洗。另外，使用垫料的高福利饲养系统也会造成额外的污染风险，对于群养的母猪来说尤为重要。

霉菌毒素抑制猪的免疫功能，从而造成动物对感染性疾病的抵抗力下降、诱发慢性感染和／或降低疫苗和药物的治疗效果。不论是一次污染高剂量的霉菌毒素，还是长时间污染较低水平的霉菌毒素，都可能造成生产上的问题。霉菌毒素在生产上造成的危害程度取决于污染的毒素的类型、水平以及动物的易感性。幼龄动物和繁殖母猪对霉菌毒素更易感。

2006年，有报道表明摄入DON和T-2后，宿主无法清除肠道内的呼肠孤病毒，从而抑制宿主对病毒的免疫反应。暴露于单端孢霉烯后肠道内的病毒含量增加，并导致感染过程中炎症反应和宿主的不适性增加。这些结果使我们不由推测霉菌毒素的摄入使宿主对毒力和致病性更强的病毒如猪繁殖与呼吸综合征（PRRS），猪圆环病毒二型（PCV2），猪流行性腹泻(PED)等易感性的影响。

研究显示，感染霉菌毒素会进步病菌如沙门氏菌(Salmonella)、小蛇菌CSerpulina)、弯曲菌(Campy-lobacter)和巴氏杆菌(Pasturella)等感染的严重程度(OswMd等，2005)。同时，霉菌毒素还能减弱／降低动物通过疫苗接种获得的免疫力。例如，研究显示，摄进低剂量的烟曲霉毒素可以造成通过免疫接种获得的特异性抗体反应下降(Taranu等，2003)。黄曲霉毒素降低细胞介导的免疫反应和巨噬细胞的活性，同时降低抗体对免疫系统其它部分的呈递(Piet，1992)。由于妊娠期间黄曲霉毒素在子宫内可通过胎盘传递，胎儿和发育中的动物的免疫系统同样受到损害。所以受到影响的新生动物对感染缺乏抵抗力，并且不能对疫苗接种产生足够的反应。

霉菌毒素还会削弱动物通过免疫接种获得的免疫力。例如，黄曲霉毒素会干扰接种猪丹毒(erysipelas)疫苗后产生获得性免疫的能力(Cysewski等，l978)。最近，Taranu等(2003)报道，烟曲霉毒素处理改变了淋巴细胞增殖和细胞因子的天生。通过免疫接种获得的免疫力在动物生产中发挥非常重要的作用，有效的免疫接种程序对疫病的预防和控制更是至关重要的，而霉菌毒素则可能导致这些获得的免疫力的崩溃。